O Pelotas foi fundado em 11 de outubro de 1908, originado da fusão entre Club Sportivo Internacional e Foot-ball Club. O primeiro grande feito do Pelotas foi ganhar do Sport Club Rio Grande, o clube de futebol mais antigo do Brasil, em 24 de outubro de 1909, que até este dia nunca havia perdido uma partida sequer em sua história em seus mais de 9 anos de existência, até então.

Em 1930, o Pelotas ganhou seu único título estadual de primeira divisão, batendo o Grêmio na final.