O Porto Alegre foi fundado no dia 10 de junho de 2003, na zona sul de Porto Alegre, com o nome de Lami Futebol Clube, o qual possuía as mesmas cores da bandeira brasileira: verde, amarelo, azul e branco. Seu primeiro presidente foi Antônio Raul Gonçalves Fraga (que empresta o nome ao estádio do Porto Alegre).

Em seu primeiro ano de existência, o Lami participou do Campeonato Gaúcho da Terceira Divisão, sagrando-se campeão com uma rodada de antecedência. A partida do título ocorreu no dia 22 de outubro de 2003, na goleada do Lami por 5 a 0 sobre o Cruzeiro de Porto Alegre, com gols de Fabinho (duas vezes, terminando como artilheiro da competição), Claudemir, Cassius e Antônio. Treinada por Vacaria, a equipe marcou 32 gols e sofreu nove em dez jogos. Foram sete vitórias, dois empates e apenas uma derrota, justamente na última rodada, quando o Lami já havia assegurado o título.

A partir de 2006, o clube trocou de nome para Porto Alegre Futebol Clube e também alterou as cores, adotando o branco, o azul e o grená. É atualmente administrado pelo ex-jogador Assis, irmão de Ronaldinho Gaúcho. Em 2009, o clube conseguiu sua maior façanha: foi campeão da Segunda Divisão do Campeonato Gaúcho, garantindo vaga na elite do futebol gaúcho em 2010.